ونعني بها : قدرة المؤسسة على حسن استخدام الموارد البشرية والمادية المتاحة؛ لتحقيق النتائج المرجوة في أقل وقت، وبأقل تكلفة ممكنة مع تلافي حدوث أي هدر
إن نجاح أي مؤسسة واستمرارها مرهون بعد توفيق الله بكفاءة تشغيلها لمواردها البشرية والمادية. ولهذا كانت ( كفاءة التشغيل ) هي المجال الرابع ضمن المجالات الاستراتيجية.
ولتحقيق الكفاءة المطلوبة فالأندلس تراجع دوماً أداءها، وتعمل على تحسينه وتطويره، وما من مرحلة ولا إدارة في مدارس الأندلس إلا وهي تنفذ مبادرات متعددة ؛ تحقيقاً لمؤشرات كفاءة التشغيل التي ستتيح للأندلس أن تقدم خدماتٍ نوعيةً ، وبتكلفة تحقق رضا طلابها، وأولياء أمورهم، ومنسوبيها.